W okresie PRL Jacek Wegner współpracował m.in. z „Kurierem Polskim”, „Expressem Wieczornym”, a także czasopismami literackimi „Twórczość”, „Więź” i „Kultura”. Jako działacz opozycji antykomunistycznej współtworzył podziemny miesięcznik „U progu” oraz pisał teksty do „Arki” i „Bez dekretu”.
Pracował też poza mediami - przez lata był pilotem wycieczek do Turcji, Algierii, Bułgarii i Rumunii, a po powrocie do Polski, gdy ogłoszono stan wojenny, jeździł taksówką.
Na początku 1990 roku dołączył do redakcji „Wiadomości” TVP, pracował też w „Rzeczpospolitej”, „Polsce Zbrojnej” i „Tygodniku Centrum”. Współpracował z miesięcznikiem „Opcja na prawo”.
Jako członek warszawskiego oddziału Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich pisał do wydawanego przez organizację magazynu „Forum Dziennikarzy” i serwisu SDP.pl. Przez 20 lat prowadził zajęcia z dziennikarstwa na Uniwersytecie Warszawskim.
Jest autorem kilku książek o tematyce historyczne i publicystycznej, m.in. „Sternicy, opowieść o dziesięciu przywódcach PPR/PRPR. Od Nowotki do Rakowskiego”, „Bez świadków obrony. Historia Jerzego i Ryszarda Kowalczyków”, „Biesy sarmackie”, „Rzeczypospolita. Duma i wstyd”, „Zamach na Lenina. Krótka historia Ruchu”, „Kryptonim ‘Reporter’. Wspomnienia figuranta” oraz, „Zmagania z Ojczyzną staroświeckiego Polaka”.
