Aktor i reżyser wychowuje wraz z Jennifer Garner troje pociech - córki Violet i Seraphinę oraz syna Samuela.
- Zrobię co w mojej mocy, aby zniechęcić dzieciaki do tego środowiska - oznajmił Affleck. - Już teraz muszą borykać się z problemami, których nie mają inne dzieci. Są obserwowane w sposób, którego absolutnie nie akceptuję, ich zdjęcia pojawiają się w tabloidach. Nie chcę dla nich takiej przyszłości. Jestem w stanie zgodzić się na aktorstwo teatralne. Jeśli dzieci wyrażą nim zainteresowanie, chętnie poślę je na odpowiednie zajęcia.
Pod koniec listopada 2012 roku do polskich kin trafił film "Operacja Argo" z Benem Affleckiem w roli głównej i w jego reżyserii.
